31 sierpnia 1989 r. uzyskano postanowienie Sądu Rejonowego dla Warszawy-Pragi (Wydział VII Cywilny do Spraw Rejestrowych) o wpisie Gdańskiej Fundacji Oświatowej w Rejestrze Fundacji.
12 września 1989 r. uzyskano decyzję Kuratora Oświaty i Wychowania w sprawie uruchomienia Gdańskiego Liceum Autonomicznego.
13 września 1989 r. zajęcia rozpoczęły się w budynku Osiedlowego Domu Kultury Spółdzielni Mieszkaniowej „Kolejarz” przy ul. Kołobrzeskiej na Przymorzu w Gdańsku.
Ponieważ siedziba była bardzo mała w drugim roku nauki zajęcia odbywały się również w trzech wynajętych salach katechetycznych w Okrąglaku na Przymorzu oraz w sześciu salach w Pałacu Młodzieży na ul. Ogarnej w Gdańsku. Trudne warunki lokalowe zmuszały do dalszych poszukiwań.
thumb|Tablica pamiątkowa potwierdzająca wkład Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej w remont budynków Gdańskich Szkół Autonomicznych
W listopadzie 1990 r. GLA przeprowadza się do przyznanego szkole zrujnowanego budynku na ul. Osiek 11/12 w Gdańsku. Dzięki wsparciu Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej rozpoczął się wieloletni remont budynku.
15 czerwca 1992 Gdańska Fundacja Oświatowa zakupiła budynek przy ul. Osiek11/12.
Od kwietnia 2003 r. działa Centrum Egzaminacyjne SAT a od maja 2006 r.