Nauka matematyki w Gdańskim Liceum Autonomicznym odbywa się w grupach zaawansowania. Do grupy najwyższej realizującej matematykę na poziomie rozszerzonym trafiają z klucza uczniowie profilu matematycznego.
Wszystkich uczniów obowiązuje rozszerzony angielski, którego nauka również odbywa się w grupach zaawansowania. Szkoła oferuje przygotowania do europejskich oraz amerykańskich egzaminów językowych, takich jak: FCE, CAE, CPE, IELTS, SAT i TOEFL. Uczniów obowiązuje wybór drugiego języka – hiszpańskiego lub niemieckiego, którego nauka także odbywa się w grupach zaawansowania.
Poradnia psychologiczno-pedagogiczna ,,Osiek" Poradnia Psychologiczno-Pedagogiczna „Osiek" została założona w 2003 roku przez Gdańską Fundację Oświatową. Znajduje się na terenie Gdańskich Szkół Autonomicznych. Jej działalność opiera się na pracy o charakterze diagnostyczno-terapeutycznym, udzielaniu pomocy psychologiczno-pedagogicznej uczniom oraz wspieraniu rodziców i nauczycieli.