Wyróżniała się stabilna obrona "Jagi" na czele z Runje, Gutim oraz bocznymi pomocnikami jak Frankowskim i Tomasikiem.
Drużyna rozegrała swój najlepszy sezon zdobywając mistrza jesieni oraz kończąc sezon zasadniczy na 1. miejscu. Po podziale punktów białostoczanie praktycznie zrównali się z punktami z trójką innych kandydatów do korony. Po porażce w Gdańsku (36 kolejka) z Lechią Gdańsk Jagiellonia straciła pozycję lidera, co za tym idzie musiała też liczyć na potknięcia rywali. Rozgrywki były na tyle wyrównane, że przed ostatnią kolejką aż 4 zespoły mogły zdobyć tytuł mistrza polski. W ostatnim meczu białostoczanie zremisowali na własnym boisku 2:2 z Lechem Poznań, a w Warszawie tamtejsza Legia zremisowała z Lechią Gdańsk. Takie wyniki sprawiły, że tytuł przypadł Legii Warszawa, a białostoczanie zajęli 2. miejsce.
Jagiellonia odpadła z Pucharu Polski w 1/8 finału ulegając na wyjeździe Pogoni Szczecin 4:1.
Sezon zasadniczy (30 kolejek) Jagiellonia zakończyła na pierwszym miejscu, gromadząc 59 punktów, strzelając 56 bramek, tracąc 31.
Nagrody sezonu 2016/17 Konstantin Vassiljev – piłkarz miesiąca lipca, października, bramka sezonu. Cillian Sheridan – piłkarz miesiąca kwietnia.