Flanki (boczne strony) miasta zostały osłonięte później, w wiekach XVII i XVIII. Zbudowano Santa Margherita Lines, Cottonera Lines i fort Ricasoli od strony Grand Harbour, oraz fort Manoel i fort Tigné od strony Marsamxett. Późniejsze projekty, włączając w to budowę fortyfikacji na Corradino i Ta’ Xbiex, zostały wykonane, lecz nie zostały zrealizowane.
Okupacja francuska oraz rządy brytyjskie thumb|Porta Reale, zbudowana w 1853 i zburzona w 1963 Fortyfikacje Valletty zostały użyte po raz pierwszy podczas francuskiej inwazji na Maltę 9 czerwca 1798. Zakon skapitulował po trzech dniach, 12 czerwca, i Valletta oraz jej fortyfikacje przeszły w ręce Francuzów. Podczas inspekcji fortyfikacji, Napoleon podobno zauważył: „Jestem bardzo zadowolony, że oni otwarli dla nas bramy.”
Kilka miesięcy po rozpoczęciu francuskiej okupacji, Maltańczycy zbuntowali się przeciwko Francuzom i zablokowali ich na terenie Wielkiego Portu, z brytyjską, neapolitańską i portugalską pomocą. Francuzi zdołali wytrzymać w Valletcie do września 1800 roku, kiedy to generał Vaubois skapitulował przed Brytyjczykami, którzy przejęli władzę nad wyspą.