Według niego interwencja zbrojna była jedyną skuteczną metodą na szybkie podporządkowanie tych ziem władzy Królestwa Kastylii i Aragonii, a tym samym definitywne przerwanie masowych ofiar z ludzi oraz kanibalizmu w kulturach prekolumbijskich. Uważał to za konieczne nie tylko ze względu na przyszłą chrystianizację, ale również z powodów humanitarnych. Wiedzę na temat konkwisty Ameryki, a w szczególności podboju imperium Azteków, czerpał z relacji kolonizatorów i zdobywców, w tym Hernána Cortésa, którego poznał osobiścieReder Gadow, Marion, En torno de Ginés de Sepúlveda, „Baética: Estudios de arte, geografía e historia”, núm. 25, pp. 606–624, 2003.. Z jego poglądem nie zgadzała się jednak znaczna część zakonników uczestniczących w budowie systemu kolonialnego. Wśród nich znajdował się Las Casas, twierdzący, że użycie siły w Nowym Świecie nie miało nic wspólnego z deklarowaną chęcią ewangelizacji, lecz było wyprawą łupieżczą, cechującą się wyjątkowym okrucieństwem konkwistadorów wobec Indian.