W swoją ostatnią podróż wybrał się do francuskiego Maroka na przełomie lat 1949/50.
Bernatzik finansował swoje badania i koszty utrzymania opisując swoje podróże w książkach oraz wygłaszając wykłady jako niezależny badacz. Dokonywał zakupu zbiorów etnograficznych dla muzeów w Niemczech i Szwajcarii. Jego dziennikarska działalność i wyjątkowe zdjęcia ludności krajów, które odwiedzał uczyniły go dość sławnym człowiekiem. Przygotował bibliotekę zdjęć dokumentującą plemiona zagrożone wyginięciem. Co do kolonialnej polityki, Bernatzik twierdził, że administratorzy kolonii powinni przykładać więcej wagi i zrozumienia dla zwyczajów i sposobu życia ludności tubylczej danego terenu. W 1927 roku ożenił się z Emmy Winkler (1904–1977), studentką psychologii w Wiedniu, która stała się jego asystentką i towarzyszką w czasie podróży. Od 1930 roku, studiował etnologię, antropologię i geografię na Uniwersytecie w Wiedniu i uzyskał stopień naukowy doktora nauk w 1932 roku za pracę pt. „Monografia Kassangi”. W czerwcu 1935 złożył wniosek o habilitację na Uniwersytecie w Grazu. Otrzymał profesurę na podstawie pracy pt. Entwicklung des Kindes auf der Salomon-Insel Owa Raha (Rozwój dziecka na Owaraha, wyspie archipelagu Salomona ).