thumb|Spinellus fusiger na wielkoowocnikowej grzybówce krwistej thumb|Drożdże piekarnicze (Sacharomyces cerevisiae), różnicowa mikroskopia interferencyjna thumb|Penicillium spp., również pod mikroskopem, barwione błękitem laktofenolowym z bawełny Grzyby mikroskopijne () – grzyby o niewielkich rozmiarach, przeciwieństwo grzybów wielkoowocnikowych (Macromycetes). Są to niezbyt precyzyjne pojęcia, używane jednak w mykologii przy tworzeniu różnego rodzaju zestawień gatunków i w innych opracowaniach. Do grzybów mikroskopijnych zalicza się gatunki o rozmiarach od mikroskopijnych (widocznych tylko pod mikroskopem) do bardzo małych, o rozmiarach do kilku milimetrów. Niektóre gatunki są zarówno grzybami makroskopijnymi, jak i mikroskopijnymi. Na przykład grzyby z rodzaju Ophiocordyceps tworzą mikroskopijnej wielkości owocniki, ale zanurzone w podkładkach o makroskopijnej wielkości. Do grzybów mikroskopijnych należą drożdże, grzyby drożdżopodobne i grzyby strzępkowe, a wśród tych ostatnich także grzyby owocnikowe.