Na wysokości około 11 300 metrów nad ziemią (37 000 stóp), po wejściu w egipską przestrzeń powietrzną, kontakt radiowy z samolotem został zerwany. Minister obrony Grecji Panos Kamenos oświadczył, że chwilę przed zerwaniem połączenia, maszyna wykonała skręt w lewo o 90 stopni, a następnie zatoczyła okrąg w prawo i opadła mniej więcej 7600 metrów (25 000 stóp), jednakże pilot nie nadał wezwania pomocy. Samolot całkowicie zniknął z radarów na wysokości około 3048 metrów (10 000 stóp).
Poszukiwania wraku thumb|Lockheed P-3 Orion amerykańskiej US Navy skierowany do poszukiwań (zdjęcie wykonano 19 maja podczas startu z lotniska na Sycylii) Od razu po otrzymaniu oficjalnych informacji na temat zaginięcia Airbusa A320 rozpoczęła się akcja poszukiwawczo-ratownicza greckich i egipskich służb. Jedyną potwierdzoną wtedy informacją było to, że samolot zniknął z radarów. Jeszcze tego samego dnia do poszukiwań samolotu został skierowany samolot US Navy. Samolot oraz statek do poszukiwań wysłało również brytyjska Royal Navy.