Ze względu na brak funduszy i faktyczne bankructwo spółki, 1 kwietnia 1890 dokonano zamknięcia linii. 12 grudnia 1890 roku decyzją sądu linia kolejowa znalazła się w rękach rządu.
Kolej w rękach rządu oraz jej likwidacja Wylot tunelu i kamienny wiadukt w Valletcie (kwiecień 2014)|thumb Już po przejęciu linii przez rząd, 2 marca 1891 roku sąd zadecydował o wyprzedaży majątku spółki w celu pokrycia jej długów. Ponieważ podjęta została decyzja o wznowieniu działalności linii, rząd wykupił wszystkie licytowane lokomotywy i wagony. 2 listopada przedstawiony został wykonany na zlecenie rządu raport, zawierający rekomendacje dotyczące ponownego uruchomienia linii. Rekomendowano uruchomienie przewozów w dwóch klasach: pierwszej i trzeciej, natomiast taryfa biletowa podzielona miała być na dwie strefy (Valletta – Birkirkara oraz Birkirkara – Notabile). Cena biletu pierwszej klasy miała wynosić trzy pensy, natomiast trzeciej klasy – jeden pens. W przypadku przejazdu pomiędzy strefami cena ulegała podwojeniu. Podwójna cena biletów obowiązywać miała również w niedziele. Raport zawierał także rekomendacje co do sposobu pobierania opłat oraz wysokości pensji pracowników na poszczególnych stanowiskach.