Kupowała je od zubożałych klasztorów i pomniejszych rodzin książęcych. W jej muzeum znalazło się słynne Porwanie Europy Tycjana, a także jedno z arcydzieł malarstwa holenderskiego, Koncert Jana Vermeera. Nabyła również autoportret Rembrandta oraz Burzę na jeziorze galilejskim, jedyne dzieło marynistyczne tego artysty.
W 1919 roku doznała udaru mózgu i została częściowo sparaliżowana. Nie mogła odwiedzać ani przyjmować przyjaciół. Zmarła 17 lipca 1924 roku. Została pochowana na Mount Auburn Cemetery w Cambridge, pomiędzy mężem a synem.
Znaczenie Isabella Stewart Gardner była jedną z najważniejszych kobiecych mecenasów sztuki. Była mecenasem i przyjacielem czołowych artystów i pisarzy swego czasu, takich jak John Singer Sargent, James McNeill Whistler i Henry James. W ciągu trzech dekad podróżowania po świecie i współpracy z najważniejszymi mecenasami sztuki i doradcami, jak Bernard Berenson i Okakura Kakuzō zgromadziła znaczącą kolekcję dzieł sztuki, na którą składały się obrazy, meble, tkaniny i przedmioty z różnych kultur i okresów, w tym znane europejskie obrazy i rzeźby oraz wyroby rzemiosła artystycznego. W 1903 roku ukończyła budowę muzeum swojego imienia, przewidzianego do przechowywania swojej kolekcji Zmarła pozostawiając w spadku 1 milion dolarów na wsparcie muzeum.