System rozgrywek EHF Liga Mistrzów piłkarzy ręcznych w sezonie 2016/2017 składa się z czterech rund: turnieju kwalifikacyjnego do fazy grupowej, fazy grupowej z fazą play-off, fazy pucharowej oraz Final Four. Turniej kwalifikacyjny: zozstał rozegrany w dniach 3-4 września 2016 - 8 drużyn walczyło w dwóch grupach po cztery drużyny o dwa miejsca w fazie grupowej. Faza grupowa: w fazie grupowej uczestniczyło 28 drużyn, które zostały podzielone na 2 grupy po 8 zespołów (grupy A i B) oraz na dwie grupy po 6 zespołów (C i D). Zmagania rozpoczęły się 21 września 2016 a zakończyły się 12 marca 2017. Najlepsze drużyny z grup A i B awansowały bezpośrednio do ćwierćfinałów, natomiast drużyny z miejsc 2-6 walczyły w barażach o miejsca w ćwierćfinałach. W pozostałych grupach: dwie najlepsze drużyny z grup C i D walczyły w play-offach o awans do baraży do ćwierćfinału. Faza pucharowa: składała się z 1/6 oraz 1/4 finału, rozgrywki odbyły się w okresie od 22 marca do 30 kwietnia 2017. Final Four: uczestniczyli w nim zwycięzcy ćwierćfinałów. Final Four składał się z półfinałów, meczu o 3. miejsce oraz finału. Od 1 lipca 2016 weszły w życie przepisy dotyczące m.in. stosowania niebieskich kartek.