W 1995 debiutował w rozgrywkach Wyższej Ligi Tadżykistanu. W pierwszych dwóch sezonach zajmował końcowe 11. miejsce w tabeli. Siedziba klubu mieściła się w Duszanbe, a mecze piłkarskie rozgrywał w Kumsangirze. Na początku 1996 klub Pamir Duszanbe był w stanie rozwiązania. Wtedy na pomoc przyszło Ministerstwo Obrony Narodowej Tadżykistanu. Po fuzji z Pamirem w 1997 klub nazywał się SKA PWO Pomir Duszanbe, a od 1999 występował pod nazwą SKA Pomir Duszanbe. Jednak on już kontynuował historię Pamiru.
W 2004 wojskowy klub został reaktywowany jako CSKA Duszanbe i ponownie startował w Wyższej Lidze Tadżykistanu. Na początku 2007 klub znów przyszedł na pomoc Pomirowi - po połączeniu z zespołem SKA Pomir Duszanbe zmienił nazwę na CSKA Pomir Duszanbe, a CSKA przestał istnieć.
Sukcesy Trofea międzynarodowe Nie uczestniczył w rozgrywkach azjatyckich (stan na 31-12-2015).
Trofea krajowe Tadżykistan
ZSRR
Mistrzostwo Tadżyckiej SRR: mistrz (3x): 1963, 1964, 1965 Puchar Tadżyckiej SRR: zdobywca (2x): 1951, 1963
Stadion Klub rozgrywał swoje mecze domowe na stadionie CSKA Ministerstwa Obrony (były Politechnikum) w Duszanbe, który może pomieścić 7 000 widzów. Wcześniej występował na Centralnym stadionie republikańskim (były stadion im.