Życiorys Mateen urodził się jako Omar Mir Seddique w New Hyde Park w Nowym Jorku. Jego rodzice pochodzą z Afganistanu. Ojciec Mateena jest PasztunemBefore Orlando massacre, killer Omar Mateen visited parents one last time., który wyemigrował do Stanów Zjednoczonych w latach 80. XX wieku49 killed in shooting at Florida nightclub in possible act of Islamic terror.ISIS Claims Responsibility For Orlando Nightclub Attack That Left 50 Dead.Shooter Omar Mateen’s father says he’s saddened by massacre, calls gunman ‘a good son’.. Jest zwolennikiem talibów. W 1991, po kilku latach mieszkania w Nowym Jorku, przeprowadził się wraz z rodziną do Port St. Lucie.
Mateen przez rok uczęszczał do Martin County High School. Został przeniesiony do St. Lucie West Centennial High School, z powodu bójki z kolegą ze szkoły. Jak opisuje jego znajomy, Mateen był prześladowany w drugiej szkole. Trzech kolegów z klasy opisało gazecie The Washington Post, iż Mateen trzymał kciuki za zamachowców podczas ataku z 11 września 2001.
W 2003 ukończył Martin County Adult Vocational School. W 2006 uzyskał dyplom w dziedzinie sądownictwa karnego na Indian River State College.