W 1950 roku objął urząd administratora Kościoła i przeniósł się do Varnsdorfu (ówczesna stolica Kościoła). W 1956 roku w wyniku represji Państwa wobec Kościołów i Związków Wyznaniowych, został pozbawiony zgody na świadczenie pracy duchownego i musiał opuścić swoją parafię. Na przełomie 1956 i 1957 roku został na krótko aresztowany, a następnie po uwolnieniu pracował fizycznie w Rumburku. Potem zaczął tracić słuch w wyniku kolejnych licznych przesłuchań i wcześniejszego więzienia. Na wiosnę 1968 roku, dzięki odprężeniu politycznemu (Praska wiosna) Kościół Starokatolicki w Czechosłowacji mógł przywrócić swoją normalną działalność. Po wielu latach Ministerstwo Kultury wyraziło zgodę na Synod Krajowy, który wybrał na biskupa Augustina Podoláka. 15 grudnia 1968 roku duchowny został wyświęcony na biskupa przez biskupów starokatolickich Unii Utrechckiej. Po latach odwilży, od 1971 roku Kościół i jego biskup kolejny raz przechodził prześladowania, a jego działalność w wyniku zaostrzenia kursu politycznego została zakazana. Starokatolicy choć bezprawnie, działali w podziemiu tworząc pozory normalnej pracy duszpasterskiej. W czerwcu 1971 roku w Varnsdorfie biskup potajemnie wyświęcił czterech kleryków na księży (w tym swojego późniejszego następcę Dusana Hejbala) oraz jednego alumna na diakona.