Inwazja i okupacja francuska Fort Chambray po raz pierwszy został użyty podczas francuskiej inwazji na Maltę w czerwcu 1798 roku. Kiedy Francuzi wylądowali na Gozo, wielu mieszkańców wraz ze swoją trzodą schroniło się w Chambray. W tym czasie fort był zarządzany przez rycerza de Megrigny, i był uzbrojony w 72 sztuki artylerii. Początkowo fort stawiał pewien opór najeźdźcom, lecz skapitulował po tym, kiedy francuski generał Regnier ustawił trzy kompanie wojska przed fortem, i zażądał od obrońców poddania się. Mieszkańcy Gozo, którzy się schronili wcześniej w forcie, powrócili razem ze swym dobytkiem do domów.
Od momentu poddania się, fort był obsadzony przez francuski garnizon. 3 września, dzień po rozpoczęciu powstania w Mdinie, Gozanie wywołali powstanie przeciwko Francuzom, które szybko rozprzestrzeniło się na całą wyspę, z wyjątkiem Fortu Chambray i Cittadelli. 28 października 1798, powstańcy pod wodzą Francesco Saverio Cassara, oraz brytyjscy Royal Marines pod dowództwem kapitana Cresswella, zaatakowali fort, który skapitulował następnego dnia.