W dniu 16 października 1815 roku świątynia została przejęta przez gminę protestancką. Od tego czasu w dawnym klasztorze znajdowało się mieszkanie pastora i organisty oraz do 1865 roku szkoła podstawowa. W latach 1832−1835 ewangelicy przeprowadzili w świątyni i klasztorze prace budowlane, m.in. wybudowali wtedy istniejącą do dziś wieżę. Dziedziniec klasztoru służył jeszcze do 1867 roku jako skład soli, ponieważ było to związane z prawem składu istniejącym od średniowiecza. Ewangelicy wprowadzili zmiany w wyposażeniu kościoła, m.in. usunęli boczne ołtarze, usunęli posągi świętych dominikańskich sprzed kościoła, w ołtarzu głównym został zamontowany obraz Chrystusa, a na ścianach zostały powieszone obrazy reformatorów. W dniu 21 sierpnia 1946 roku świątynia oraz klasztor razem z otoczeniem zostały przejęte przez 11 sióstr Klarysek Najświętszego Sakramentu, które przybyły ze Lwowa, a w dniu 29 września tego samego roku świątynia i klasztor zostały poświęcone oraz odprawiona została pierwsza msza święta. Po jej zakończeniu została ustawiona na prowizorycznym tronie monstrancja do publicznej adoracji. Od tego czasu trwa w świątyni nieustanna adoracja Najświętszego Sakramentu.