Bardzo możliwe, że w latach 562-563 pełnił urząd prefekta stolicy (praefectus urbi).
Data śmierci Prokopiusza budzi spory wśród historyków. Pewne jest, że Prokopiusz dożył połowy lat 50., gdyż w dziele O budowlach przedstawia wydarzenia z 555 r. (lub, jak sądzą niektórzy historycy, z 558 r.). Jest wątpliwe, czy można go identyfikować z Prokopiuszem, prefektem miasta Bizancjum z 562 r., który zajmował się wyjaśnieniem sprawy spisku przeciwko Justynianowi, w który zamieszany był również Belizariusz. Zwolennicy utożsamiania tego urzędnika z pisarzem powołują się na słowa Księgi Suda z X w., gdzie Prokopiusz z Cezarei określony jest terminem illústrios (co można oddać jako „ekscelencja”), stanowiącym tytuł nadawany wyższym urzędnikom cesarskim. Równie dobrze jednak słowo to mogło znaczyć tyle co „wielki”, „wybitny”, „znaczący”, „znakomity” i odnosić się do geniuszu pisarskiego Prokopiusza, który przez współczesnych nie był kwestionowany. Co jeszcze istotniejsze, sam Prokopiusz nigdzie nie wspomina ani słowem o procesie Belizariusza. Prawdopodobnie pisarz nie dożył roku 559, kiedy to doszło do najazdu Hunów i Słowian, którzy dotarli pod same bramy stolicy Cesarstwa. Opór stawił im wówczas Belizariusz, podczas walk zawaliła się część kościoła Hagia Sophia.