Ten ostatni kościół przetrwał do czasu budowy obecnego kościoła pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny od Lilii, wzniesionego w latach 1680–1683 przez Giuseppe Benoniego, z fasadą i bocznymi ołtarzami autorstwa Giuseppe Sardiego. Fundatorem budowy był Antonio Barbaro. W lipcu 1700 roku patriarcha Giovanni Alberto Badoer dokonał konsekracji kościoła. W latach 1807–1810 dekretem napoleońskiego Królestwa Włoch dokonano kasaty kościołów i zmian w podziale terytorialnym weneckich parafii zmniejszając ich liczbę z 70 do ponad 30. Kościół Santa Maria del Giglio zachował status kościoła parafialnego, mając pod sobą takie kościoły jak San Vidal, San Maurizio (zniesione w 1807 roku) oraz San Fantin (zniesiony w 1810 roku). W 1833 roku został odrestaurowany. W okresie późniejszym opuszczony, został w 1967 roku zdegradowany do rangi kościoła rektorskiego.
Architektura Podobnie jak pobliski kościół Santo Stefano, również i kościół Santa Maria del Giglio przylega bokiem do szerokiego campo (placu), natomiast jego fasada wychodzi na wąską calle (ulicę).