28 października 2012 roku Chelsea F.C. złożyła oficjalne zawiadomienie do angielskiej federacji przeciwko Clattenburgowi za używanie nieodpowiedniego języka w rozmowie z ich zawodnikiem Johnem Obi Mikelem. Zarzutów tych nigdy nie udowodniono, natomiast nigeryjski piłkarz otrzymał karę trzech meczów zawieszenia za wtargnięcie do szatni sędziów po meczu. Do prowadzenia spotkań arbiter wrócił 26 listopada 2012 roku.
11 sierpnia 2013 r. Clattenburg sędziował mecz o Tarczę Wspólnoty pomiędzy Manchester United a Wigan Athletic. Rok później otrzymał możliwość poprowadzenia spotkania o Superpuchar Europy UEFA pomiędzy Realem Madryt a Sevillą.
15 grudnia 2015 r. Komitet Sędziowski UEFA wybrał Clattenburga jako jednego z 18 arbitrów głównych do sędziowania podczas Mistrzostw Europy we Francji w 2016 r. W roku 2016 Clattenburg otrzymał możliwość poprowadzenia aż trzech finałów prestiżowych rozgrywek. Najpierw 21 maja 2016 r. Clattenburg sędziował finał Pucharu Anglii pomiędzy Crystal Palace a Manchester United. Zaledwie tydzień później wyszedł na boisko jako rozjemca w finale Ligi Mistrzów pomiędzy Realem Madryt a Atletico Madryt. Trzeci finał miał miejsce 8 lipca 2016 r.