Reformy Napoleona thumb|240px|Tablica na Palazzo Parisio, informująca o zatrzymaniu się tutaj Napoleona. Podczas swojego krótkiego pobytu na Malcie Napoleon zatrzymał się w Palazzo Parisio w Valletcie (dziś zajmowanym przez Ministerstwo Spraw Zagranicznych). Wprowadził w życie reformy bazujące na zasadach Rewolucji Francuskiej. Reformy te można podzielić na cztery główne kategorie:
Socjalne Mieszkańcy Malty zostali obdarowani równością wobec prawa i byli traktowani jak obywatele francuscy. Maltańskie tytuły szlacheckie zostały zniesione a niewolnicy obdarzeni wolnością. Zagwarantowano wolność słowa i pisma, jakkolwiek jedynym pismem był Journal de Malta, wydawany przez rząd. Więźniowie polityczni (w tym Mikiel Anton Vassalli) oraz uczestnicy powstania księży zostali uwolnieni, a społeczność żydowska uzyskała zezwolenie na budowę synagogi.