thumb|240px|Srebrna brama w Konkatedrze św. Jana została pomalowana przez Maltańczyków na czarno, skutkiem czego francuscy żołnierze nie odkryli, że jest zrobiona ze srebra i nie przetopili jej na sztaby. Francuzi szybko zlikwidowali wszelkie instytucje Zakonu Joannitów, w tym Kościoła katolickiego, z czego Maltańczycy nie byli zadowoleni. Wynikły też problemy natury ekonomicznej i rząd francuski zaprzestał wszelkich wypłat, rozpoczął natomiast wywóz złota i srebra z banków oraz zasobów Zakonu. Posiadłości kościelne zostały ograbione i zmuszono Kościół do ponoszenia kosztów francuskiej ekspedycji do Egiptu. Działalność ta wywołała znaczny gniew wśród głęboko wierzących Maltańczyków. 2 września, w czasie aukcji posiadłości kościelnych, gniew ten wybuchł powszechnym powstaniem, i w czasie kilku następnych dni tysiące maltańskich partyzantów zepchnęło francuski garnizon do Valletty i na teren portu. Valletta została otoczona przez około 10 tys. powstańców pod wodzą Emmanuela Vitale i kanonika Francesco Caruany, lecz forteca była za mocna do zdobycia przez siły nieregularne. Maltańczycy zbudowali fortyfikacje oblężnicze otaczające port, aby móc bombardować Francuzów. Wkrótce przybyła pomoc brytyjska, i w roku 1799 kapitan Alexander Ball został mianowany Cywilnym Komisarzem Malty.