System obronny Cittadelli na Gozo został również poprawiony przez Zakon. W roku 1551, miasto zostało zdewastowane przez najazd osmański, który przemienił przawie całą populację wyspy w niewolników. W latach 1599–1622, wejście do miasta oraz mury południowe zostały całkowicie przebudowane, północne mury miasta pozostawiono w ich pierwotnej, średniowiecznej formie. Wczesne XVII-wieczne modyfikacje wzbogaciły system obronny o bastiony, nadszańce, magazyny i baterie artyleryjskie.
Fortyfikacje nadbrzeżne thumb|left|Wignacourt Tower w Saint Paul’s Bay
W odróżnieniu od silnie ufortyfikowanej części portowej, reszta wysp pozostawała w większości bezbronna aż do XVII w., i były one podatne na ataki (np. inwazja na Gozo) w 1551 r. Zmieniło się to w roku 1605, kiedy w Mġarr na wyspie Gozo zbudowano Wieżę Garzes. Ta wieża strażnicza została zburzona w roku 1848 przez brytyjską administrację wyspy.
W latach następnych zbudowano więcej wież wzdłuż brzegów wysp. Pierwsza ich grupa, wieże Wignacourta (ang. Wignacourt towers), została zbudowana w latach 1610–1620. Zbudowaano ich sześć, i były one czymś więcej niż zwykłymi wieżami strażniczymi, gdyż utworzyły mocną linię obrony podatnych na ataki części wybrzeża. Z tych sześciu wież, jedna zawaliła się około roku 1715, a inna została zburzona w roku 1888. Pozostałe cztery przetrwały do dziś.
thumb|Għajn Tuffieħa Tower w Mġarr