thumb|left|Saint Andrew’s Bastion w Valletcie W roku 1565 Malta przeżyła kolejny atak wojsk osmańskich. Fort Saint Elmo upadł po zażartej walce (w której zginął osmański generał Turgut), lecz rycerze Zakonu utrzymali się w Birgu i Senglei, aż do przybycia pomocy. Podczas oblężenia większość fortyfikacji została zniszczona, odbudowano je więc. Wielki Mistrz Jean Parisot de Valette zdecydował o budowie nowej, ufortyfikowanej stolicy na półwyspie Sciberras. Pierwszy kamień pod budowę nowego miasta został położony w roku 1566, i nazwane ono zostało Valletta. Mury miasta, zbudowane w większości w latach 50. i 60. XVI wieku, pozostały przeważnie nienaruszone do dziś; w ich skład wchodzą bastiony, nadszańce, przeciwstraże oraz rów obronny (sucha fosa). Zrujnowany Fort Saint Elmo został odbudowany i włączony w system murów obronnych miasta. Teren wokół fortu był kilkakrotnie umacniany w XVII w., zwłaszcza przez wybudowanie Carafa Enceinte (centrum obronnego) w roku 1687.