Pod koniec wieku w obręb założenia włączona została krypta, nad którą wzniesiono kaplicę z dekoracyjnym portalem; dostawione zostało też pomieszczenie z dwiema wieżami w kształcie absyd. Prawdopodobnie, według hipotezy dr Bogdana Żurawskiego, kompleks po przebudowach pełnił funkcję xenodocheionu, połączenia szpitala z przytułkiem, znanego z Bizancjum, o czym świadczy program ikonograficzny malowideł ściennych. W XII wieku zaszły kolejne zmiany w części Aneksu związane z założeniem w tym miejscu kommemoratywnego kompleksu dedykowanego biskupowi Georgiosowi, na którego ścianach zapisane są teksty maryjne i paramagiczne w języku greckim i koptyjskim. W klasztorze znaleziono ponadto liczne inskrypcje liturgiczne, stele nagrobne i graffiti w językach greckim, koptyjskim i staronubijskim.
Kościoły Na terenie Dongoli odkryto kilkanaście kościołówAgnieszka Szymczak,Nowo odkryta katedra w Dongoli – badania Polaków w Sudanie, archeowieści.pl, 31.05.2021. Ich dokumentacja stała się bazą dla ogólnych opracowań nubijskiej architektury sakralnej. mały|318x318px|Kościół o Kolumnach Granitowych Wczesne kościoły powstawały w Dongoli według wzorców bizantyjskich.