Kujawsko-Pomorskiego (z Piastem Złotniki Kujawskie). 2004 – porażka w 1/2 finału na szczeblu woj. Kujawsko-Pomorskiego (z Kujawiakiem Włocławek). 2005 – porażka w 1/4 finału na szczeblu woj. Kujawsko-Pomorskiego (z Toruńskim Klubem Piłkarskim).
Ciekawostki W Nieszawie podczas spotkania Pucharu Polski w seniorskiej piłce w barwach Wisły Płock zadebiutował Sławomir Peszko. Mający nieco ponad 17 lat zawodnik spędził na boisku pół godziny i otrzymał żółtą kartkę. Jagiellonka Nieszawa przegrała wówczas mecz z Wisłą Płock 0:4 (28 sierpnia 2002 r. w I rundzie Pucharu Polski na szczeblu centralnym). W trakcie sezonu 1997/1998 II ligi Jagiellonka Nieszawa występowała pod zmienioną nazwą: Włocławsko-Nieszawskie Towarzystwo Piłkarskie „Jagiellonka-Włocłavia” Włocławek W ciągu 5 lat rozgrywek w IV lidze (1998-2003) zawodnicy z Nieszawy schodzili pokonani na własnym stadionie tylko czterokrotnie (na 83 mecze rozegrane na Stadionie Miejskim w Nieszawie). W latach 1999–2000 Jagiellonka zaliczyła serię 50 meczów bez porażki. W lipcu 2002 w związku z obchodami jubileuszu 70-lecia klubu sportowego do Nieszawy przybył ówczesny prezes Polskiego Związku Piłki Nożnej Michał Listkiewicz. 6 października 1998 r.