II runda kwalifikacyjna Do startu w II rundzie kwalifikacyjnej uprawnione były 34 drużyny (4 z poprzedniej rundy), z czego 17 było rozstawionych. Losowanie odbyło się 20 czerwca. Pierwsze mecze rozegrano w dniach 12–13 lipca, natomiast rewanże odbyły się tydzień później.
Uwaga: Losowanie II rundy kwalifikacyjnej odbyło się przed zakończeniem I rundy, więc rozstawienia dokonano przyjmując założenie, że awans uzyska drużyna z wyższym współczynnikiem w poprzedniej rundzie.
drużyny, które awansowały z I rundy kwalifikacyjnej
Grupa 1 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Red Bull Salzburg 42,520 Dinamo Zagrzeb 25,775 Qarabağ FK 13,475 Sheriff Tyraspol 10,575 AS Trenczyn 5,400 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. F91 Dudelange 5,050 Hapoel Beer Szewa 4,725 Olimpija Lublana 4,625 Wardar Skopje 4,200 FK Liepāja 1,075
Grupa 2 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. APOEL Nikozja 35,935 Legia Warszawa 28,000 Łudogorec Razgrad 25,625 FK Astana 12,575 Skënderbeu Korcza Partizani TiranaPartizani Tirana zastąpiła w rozgrywkach zespół Skenderbeu Korcza, który został wykluczony z rozgrywek UEFA w sezonie 2016/2017 ze względu na ustawianie spotkań w krajowych rozgrywkach. 7,825 Dinamo Tbilisi 5,875 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Žalgiris Wilno 4,925 The New Saints F.C.