(26 drużyn)W przypadku gdy zwycięzca Pucharu danego kraju uzyskiwał jednocześnie prawo gry w Lidze Mistrzów miejsce to przechodziło na najwyżej sklasyfikowany zespół w ligowej tabeli bez prawa gry w Lidze Mistrzów.Ponieważ federacja Hiszpanii utraciła miejsce w III rundzie kwalifikacji Ligi Europy UEFA (2016/2017), prawo startu od III rundy kwalifikacji przeszło na zdobywcę pucharu kraju sklasyfikowanego na 18. miejscu (Cypr), natomiast prawo startu od II rundy zyskali zdobywcy pucharu krajowego federacji sklasyfikowanych na 26. (Norwegia) i 27. (Serbia) miejscu. Jednocześnie w pierwotnych planach UEFA planowała włączenie do tegorocznych rozgrywek drużyn z Kosowa. Ponieważ nie spełniły one jednak wymogów licencyjnych oraz finansowego fair-play, nie zostały dopuszczone one do uczestnictwa w tegorocznych rozgrywkach. Aby utrzymać odpowiednią ilość drużyn w każdej rundzie również zwycięzca krajowego pucharu federacji sklasyfikowanej na 28. (Słowenia) miejscu został przesunięty do II rundy kwalifikacyjnej. zajęły drugie miejsce w krajowych rozgrywkach federacji sklasyfikowanych w rankingu lig krajowych UEFA na miejscach 18.-53. (35 drużyn)W przypadku gdy zwycięzca Pucharu danego kraju uzyskiwał jednocześnie prawo gry w Lidze Mistrzów lub zajął wyższe niż 3.