Chłopi, naród, niepodległość. Kształtowanie się postaw narodowych i obywatelskich chłopów w Galicji i Królestwie Polskim w przededniu odrodzenia Polski, (zob. niżej). W 2018 r. Jan Molenda wraz z Pawłem Brudkiem i Jerzym Z. Pająkiem wydał drukiem ważne źródło dotyczące I wojny światowej, pt. Wielka Wojna w polskiej korespondencji zatrzymanej przez cenzurę austro-węgierską (zob. niżej). W sumie jego dorobek naukowy obejmuje ponad 200 publikacji.
Publikacje Carat i klasy posiadające w walce z rewolucją 1905–1907 r. na wsi polskiej), "Przegląd Historyczny" t. 46, nr 1-2, 1955, s. 138-183 Relacje z rozmowy Wacława Podwińskiego z Jerzym Cleinowem (Przyczynek do zagadnienia polityki władz niemieckich w kwestii polskiej w sierpniu 1915 r.), "Najnowsze Dzieje Polski. Materiały i studia z okresu 1914–1939", t. 1. 1958, s. 162-186 Masy chłopskie i ruch ludowy w czasie wojny 1914–1918 (wybrane zagadnienia), w: Ruch robotniczy i ludowy w latach 1914–1923, Warszawa 1960 (wyd. 2 popr., 1961), s. 365-384 Próby utworzenia ogólnonarodowej reprezentacji politycznej stronnictw Królestwa Polskiego (sierpień-grudzień 1915), "Najnowsze Dzieje Polski. Materiały i studia z okresu 1914–1939", t. 4. 1961, s.