Kansas City Royals W lipcu 2015 w ramach wymiany zawodników przeszedł do Kansas City Royals. W sezonie zasadniczym rozegrał w Royals 59 meczów, notując średnią 0,284, zdobywając 7 home runów, zaliczając 23 RBI. Zespół wygrał AL Central Division, a w National League Division Series pokonał Houston Astros 3–2. Royals pokonali w American League Championship Series Toronto Blue Jays 4–2, a w World Series New York Mets 4–1 i zdobyli pierwszy od 1985 roku tytuł mistrzowski. Zobrist wystąpił we wszystkich meczach postseason, w których uzyskał średnią 0,303, zdobył 2 home runy i zaliczył 6 RBI.
Chicago Cubs thumb|150px|Ben Zobrist z trofeum dla najbardziej wartościowego zawodnika World Series 2016. W grudniu 2015 podpisał czteroletni kontrakt wart 56 milionów dolarów z Chicago Cubs. W lipcu 2016 otrzymał spośród drugobazowych najwięcej głosów kibiców i został trzecim w historii klubu zawodnikiem grającym na tej pozycji (wcześniej byli to Glenn Beckert i Ryne Sandberg), który został wybrany do wyjściowego składu NL All-Star Team. W World Series 2016 zaliczył 10 odbić (najwięcej w zespole), w tym RBI double w pierwszej połowie dziesiątej zmiany meczu numer 7, które dało prowadzenie Cubs i ostatecznie zwycięstwo w całej serii.