Struktura Hackathony zazwyczaj rozpoczynają się od prezentacji wydarzenia, oraz specyfikacji problemu. Następnie uczestnicy proponują swoje pomysły oraz tworzą drużyny na podstawie własnych preferencji oraz zdolności. Kolejnym krokiem jest już praca nad projektem, która może odbywać się gdziekolwiek, a czas na wykonanie zadania może trwać od kilku godzin do kilku dni. Pod koniec trwania maratonu poszczególne grupy prezentują wyniki swojej pracy, która oddawana jest pod ocenę sędziom. Podczas wielu hackatonów ława sędziowska składa się z organizatorów wydarzenia oraz sponsorów.
Konkursy odbywają się w dwóch formach – hackathonów oraz drogą online.
Konkursy online polegają na samodzielnym napisaniu projektu i nadesłaniu go organizatorom w wyznaczonym terminie, dzięki czemu dają szansę na dokładniejsze dopracowanie projektu przed przekazaniem go pod ocenę jury. Taka forma konkursu pozwala również na udział szerszego grona osób – odległość i kwestie logistyczne nie są ograniczeniem.
Uczestnicy zazwyczaj otrzymują nagrody pieniężne. Podczas hackathonu organizowanego przez TechCrunch Disrupt do zdobycia było 250 000 $, natomiast podczas kontrowersyjnego maratonu w 2013 r.