Mistrzowie każdej z grup uzyskały awans na poziom centralny – do II ligi. Po 5 lub po 3 ostatnie drużyny (zależnie od planowanej liczby drużyn w sezonie 2017/2018) spadły na poziom wojewódzki – do odpowiedniej terytorialnie grupy IV ligi.
Drużyny, które wycofały się z rozgrywek po rozegraniu mniej niż 50% spotkań, były automatycznie relegowane o dwa szczeble ligowe niżej (do klasy okręgowej) i przesunięte na koniec tabeli, a osiągnięte przez nie rezultaty zostały anulowane. Drużyny, które wycofały się z rozgrywek po rozegraniu 50% lub więcej spotkań, również były automatycznie relegowane o dwa szczeble ligowe niżej i przesunięte na koniec tabeli, a za nierozegrane mecze przyznawane były walkowery 3:0 dla zespołów przeciwnych. Wykluczenie z rozgrywek groziło także za nieprzystąpienie z własnej winy do trzech meczów.
Objaśnienia: Pelikan Niechanowo, wicemistrz III ligi kujawsko-pomorsko-wielkopolskiej zrezygnował z gry w III lidze po zakończeniu sezonu 2015/2016, w związku z czym dodatkowo utrzymała się Elana Toruń. Vineta Wolin przegrała swoje mecze barażowe o awans do II ligi z Odrą Opole, mistrzem III ligi opolsko-śląskiej.