XVII–XVIII wiek W 1622 patriarcha Giovanni Tiepolo zlecił namalowanie cyklu obrazów świętych i błogosławionych weneckich, który pozostaje jedynym znaczącym zbiorem ikonograficznym tego rodzaju. W 1668 roku Kanonicy Regularni zostali zniesieni i zastąpieni przez cystersów z Torcello, a gdy ich dotknęła kasata w 1787 roku, kościół został powierzony duchowieństwu diecezjalnemu i stał się kościołem rektoralnym parafii San Marziale Vescovo.

XIX wiek Kościół, użytkowany jako stajnie, składowisko siana, sklep winiarski i prochownia, powoli niszczał. W 1841 roku podjęto jego niewielką renowację, w trakcie której rozbito kamienie pamiątkowe, zniszczono organy oraz znajdujące się w złym stanie malowidła sufitowe, otynkowano fasadę. W 1855 roku zamknięto go i zamieniono na stajnie. W 1868 roku został on ponownie konsekrowany i otwarty dla kultu. Od 1 stycznia 1876 roku stał się siedzibą parafii zachowując oryginalne wezwanie św. Krzysztofa Męczennika lub Madonny dell’Orto.

XX wiek W 1912 roku oraz w latach 1930–1931 przeprowadzono znaczniejsze prace konserwatorskie;