Brak odpowiedniej liczby wagonów kolejowych, chaos pierwszych dni wojny i szybkie postępy wojsk niemieckich sprawiły, że plany ewakuacji lwowskich więzień szybko stały się niewykonalne. Władze sowieckie były jednak zdecydowane nie dopuścić, aby „wrogowie ludu” zostali uwolnieni przez Niemców. 24 czerwca ludowy komisarz spraw wewnętrznych Ławrientij Beria wydał obwodowym urzędom NKGB rozkaz rozstrzelania wszystkich więźniów politycznych przetrzymywanych w zachodnich obwodach ZSRR, których ewakuacja była niemożliwa. W myśl rozkazu Berii stracone miały zostać osoby skazane za „działalność kontrrewolucyjną”, „działalność antysowiecką”, sabotaż i dywersję, a także więźniowie polityczni znajdujący się w śledztwie.
Przebieg akcji eksterminacyjnej We Lwowie do pierwszych mordów na więźniach doszło już 22 czerwca. Pośpiesznie rozstrzelano wówczas między innymi 108 więźniów skazanych na karę śmierci. Następnego dnia rozpoczęła się natomiast likwidacja więźniów przetrzymywanych w więzieniu wewnętrznym NKGB przy ulicy Łąckiego. Egzekucje przeprowadzane w pierwszych dniach wojny pochłonęły setki ofiar, niemniej nie przybrały zorganizowanego charakteru. Chaos i panika, które ogarnęły sowiecki aparat okupacyjny, nie ominęły bowiem służb więziennych. Urzędnicy i strażnicy uciekali z miasta, porzucając więźniów w zamkniętych więzieniach.