mimo niewielkich różnic genetycznych wykazują jednak wyraźne różnice morfologiczne. Myszołów galapagoski jako gatunek znajduje się na bardzo wczesnym stadium dywergencji. W 10 zbadanych populacjach rozpoznano 7 haplotypów, do tego większość populacji przejawiała monomorfizm.
Morfologia Długość ciała wynosi 45–56 cm; masa ciała samców: 769–1174 g, samic: 1116–1661 g; rozpiętość skrzydeł: 116–140 cm. Samice są przeciętnie około 31% cięższe od samców, co czyni myszołowy galapagoskie jednymi z najbardziej zróżnicowanych pod kątem dymorfizmu płciowego przedstawicieli Buteo. W badaniu, którego wyniki opublikowano w 2003, ptaki z Españoli okazały się być przeciętnie największe, zaś z Marcheny – najmniejsze (zbadano ptaki z 6 wysp spośród 8, na których ten gatunek występuje). Myszołowy galapagoskie mają brązowe tęczówki oraz żółte nogi, woskówkę i miękką skórę u nasady dzioba. Ogół upierzenia jest smoliście brązowy. Sterówki mają barwę jasnopłową, pokrywają je delikatne pasy. Młode osobniki wyróżniają się jasną piersią, do tego pokryte są ciemnobrązowymi plamami.