W 2000 przeszedł operację Tommy’ego Johna i stracił cały sezon. Po powrocie do składu w 2001 zaliczył pięć startów, jednak w lipcu został przesunięty do bullpenu, pełniąc głównie rolę closera. W sezonie 2002 ustanowił rekord National League zaliczając 55 save’ów i został wybrany najlepszym relieverem w National League, a w głosowaniu na najlepszego miotacza w lidze zajął 3. miejsce. W 2004 ustanowił rekord klubowy zaliczając 154 save’y, pobity przez Craiga Kimbrela w 2014.
Po trzech sezonach gry jako closer, w 2005 został ponownie przesunięty do pięcioosobowej rotacji starterów. 10 maja 2005 w meczu przeciwko New York Mets wyrównał swój rekord kariery, zaliczając 15 strikeoutów, zaś 24 maja 2007 w spotkaniu z Mets zanotował 200. zwycięstwo w MLB. W 2005 za działalność charytatywną otrzymał Roberto Clemente Award. 22 kwietnia 2008 został 16. miotaczem w historii Major League Baseball, który osiągnął pułap 3000 strikeoutów. Po zakończeniu sezonu 2008 został wolnym agentem.