Jan Eysselt po zakończeniu kariery zawodniczej rozpoczął karierę trenerską. W latach 1979-1981 był asystentem selekcjonera Jozefa Golonki w reprezentacji Czechosłowacji U-20 [data dostępu: 2016-07-01] , a w latach 1980-1982 był asystentem Josefa Horešovskiego w Sparcie PragaFaktografie .
W 1983 roku wyjechał do RFN, gdzie trenował kluby: SC Riessersee (1983-1985) i Iserlohner EC (1985-1987). W 1991 roku został trenerem fińskiego Jokipojat, jednak po zajęciu ostatniego - 8. miejsca w tabeli oraz spadku z SM-liigi w sezonie 1991/1992 odszedł z klubu. Następnie trenował: Austriacki EV Innsbruck (1993-1994), niemiecki Nürnberg Ice Tigers (1994-1997).
W 1997 roku wraz z Ludkiem Bukačem przyjechał do Polski, by objąć stanowisko selekcjonera, a Bukač dyrektora reprezentacji PolskiSąsiedzka pomoc / HOKEJ. Ludek Bukac w Polsce [data dostępu: 1997-08-25]. Po nieudanych mistrzostwach świata 1998 Grupy B w Słowenii, na których reprezentacja Polski zajęła 7. miejsce, Eysselt został zastąpiony przez Bukača na stanowisku selekcjonera reprezentacji Polski.