Bieg rzeki thumb|left|250px thumb|left|250px Czarna Hańcza jest największą rzeką Suwalszczyzny. Przepływa przez bardzo ciekawe tereny, nieraz o unikatowych walorach krajobrazowych, geologicznych, historycznych (Jaćwież) i etnograficznych.
Źródła Czarnej Hańczy znajdują się na Pojezierzu Wschodniosuwalskim, na podmokłych dolinach wśród wzniesień morenowych znajdujących się na północ od Suwalskiego Parku Krajobrazowego. Biją one w pobliżu najwyższego wzniesienia Suwalszczyzny – Rowelskiej Góry. Od Bachanowa do Turtula rzeka zachowuje się jak górski potok: wcina się w podłoże wąską głęboką doliną o 30-metrowych krawędziach, płynie z hukiem po głazach rezerwatu Głazowisko Bachanowo i ma bardzo duży spadek – na kilometrowym odcinku (od mostu do ujścia Kozikówki) pokonuje 24-metrową różnicę poziomów. W wodach Czarnej Hańczy żyją pstrągi i gatunki typowe dla rzek górskich: wypławek alpejski, jętki, widelnice, chruściki, mszywioły i zimorodne mięczaki.