Ku zaskoczeniu Priena kotwicowisko okazało się prawie puste, nie wiedział on bowiem o rozkazie Forbesa, który nakazał rozproszenie floty, przez co usunął ze Scapa Flow większość dużych okrętów mogących stanowić potencjalny cel. Główne siły floty zostały skierowane do Loch Ewe w Szkocji. U-47 płynął mimo to bezpośrednio w kierunku grupy czterech pozostawionych w Scapa Flow okrętów, w tym nowo przyjętego do służby lekkiego krążownika HMS „Belfast”, zakotwiczonego w odległości 8 km od brzegów wysp Flotta i Hoy, lecz brak jest danych świadczących o tym, że Prien go zauważył. Przebieg misji podkreślił fakt, że 25-letni okręt jest całkowicie przestarzały. W obawie przed niemieckimi samolotami rozpoznawczymi, których częste pojawianie się nad Orkadami mogło zwiastować rychły atak, dowodzący Home Fleet admirał Charles Forbes wydał rozkaz rozproszenia floty i przebazowania do bezpieczniejszych portów. Rozkaz nie objął pancernika „Royal Oak”, który pozostał w Scapa Flow ze względu na posiadane uzbrojenie przeciwlotnicze, które miało wzmocnić obronę bazy przed atakiem z powietrza.