W noc tragicznego w skutkach wybuchu nie było go na okręcie., nadano przez okrętowy system radiowęzłowy rozkaz sprawdzenia temperatury w magazynach amunicyjnychKordyt wykorzystywany jako ładunek miotający pocisków artyleryjskich był wrażliwy na eksplozję na skutek przegrzania.. Wielu marynarzy wróciło do swoich koi, będąc nieświadomymi tego, że okręt jest atakowany. Dowódca okrętu komandor Maltese i zaokrętowany na okręcie dowódca 2. Eskadry Pancerników kontradmirał Henry Blagrove osobiście podjęli działania w celu sprawdzenia stanu okrętu. Nie ogłoszono jednak alarmu, nie zamknięto drzwi wodoszczelnych ani iluminatorów.
Prien obrócił okręt i próbował oddać jeszcze jeden strzał z wyrzutni rufowej, ale także nie trafił. Ponieważ w bazie w dalszym ciągu nie podejrzewano obecności okrętu podwodnego i nie podniesiono alarmu, po przeładowaniu wyrzutni dziobowych ponownie zawrócił i oddał w kierunku „Royal Oak” salwę trzech torped i o godzinie 01.16 wszystkie trzy trafiły kolejno w jego śródokręcie.