Jest jednym z największych na Suwalszczyźnie.
Jezioro ma średnio rozwiniętą linię brzegową z kilkoma malowniczymi zatokami. Poza obniżeniami na krańcach północnym i południowym brzegi akwenu są strome, a nawet bardzo strome: wschodnie tworzą moreny czołowe zarośnięte dorodnym borem świerkowym; zachodnie, ukształtowane w pagórkowatą wyżynę lodowcową, zajmują pola orne i pastwiska. Jedynie w okolicy wsi Hańcza zachował się fragment lasów liściastych z dużym udziałem lipy.
Zlewnia jeziora, odwadniana przez sieć cieków i rowów melioracyjnych, zdominowana jest przez tereny rolnicze z fragmentami borów świerkowych i lasów mieszanych oraz niewielkimi obszarami zarośli na terenach podmokłych i nieużytkach. W zlewni zbiornika znajdują się mniejsze zbiorniki wodne: Oklinek, Boczniel, Jegliniszki.
W 1974 Hańcza została wpisana na listę Projektu Aqua UNESCO, z powodu głębokości, a zarazem dzięki wysokim, podwodnym ścianom, utworzonym ze zwięzłych osadów polodowcowych.
Jezioro jest atrakcyjnym miejscem do nurkowania.
Ochrona przyrody Jezioro leży na terenie Suwalskiego Parku Krajobrazowego. W całości jest objęte ochroną jako rezerwat przyrody Jezioro Hańcza.