Ekstrakcja dwufazowa thumb|Izolacja RNA za pomocą ekstrakcji dwufazowej i precypitacji Po dezintegracji komórek przeprowadza się ekstrakcję RNA roztworem składającym się z fenolu, chloroformu i alkoholu izoamylowego w stosunku objętościowym 25:24:1. Powstają dwie fazy – wodna i organiczna. RNA gromadzi się w fazie wodnej. Odczyn fenolu musi być buforowany do odpowiednio kwaśnego poziomu, ponieważ wtedy DNA ulega ekstrakcji do fazy organicznej lub pozostaje w międzyfazie wraz ze zdenaturowanymi białkami. Z wodnej fazy RNA wytrącany jest przez dodanie etanolu lub izopropanolu, po czym mieszaninę wiruje się, a produkt uzyskuje się w postaci niewielkiej ilości zbitego ciała stałego na dnie probówki.

Jednostopniowa metoda izolacji RNA (AGPC) Obecne najpopularniejsza metoda izolacji RNA bazuje na ekstrakcji fenolowo-chloroformowej z użyciem soli chaotropowych (np. tiocyjanianu lub chlorowodorku guanidyny). Metoda ta, nazywana AGPC (), została opracowana w 1987 roku przez Piotra Chomczyńskiego i Nicholettę Sacchi. Praca, w której ta metoda została zaprezentowana, zatytułowana , była według serwisu ScienceWatch najczęściej cytowaną pracą spośród opublikowanych od 1983 do 2002 roku.