Na potrzeby filmu całkowicie przeprojektowano animusa, maszynę pozwalającą przeżywać wspomnienia przodków – z krzesła zamieniono ją na mechaniczne ramię podnoszące człowieka w powietrze, co pozwoliło wprowadzić dodatkowe środki ekspresji. Fassbender dodał, że zmiana ta podyktowana była również chęcią uniknięcia skojarzeń z Matriksem. W filmowej siedzibie Abstergo znajduje się pomieszczenie z artefaktami, w którym przetrzymywane są m.in. bronie postaci znanych z gier, w tym m.in. miecz Altaïra ibn La-Ahada z Assassin’s Creed, łuk Ratonhnhaké:tona z Assassin’s Creed III, pistolety skałkowe Edwarda Kenwaya z Assassin’s Creed IV: Black Flag i laska z ukrytym ostrzem Jacoba Frye’a z Assassin’s Creed: Syndicate. Fassbender stwierdził, że Ubisoft był zainteresowany elementami stworzymi na potrzeby filmu i rozważa wprowadzenie niektórych z nich do gier.
W filmie pojawi się również charakterystyczny dla serii „skok wiary”. Zespół odpowiedzialny za produkcję chciał, żeby wszystkie elementy były jak najbardziej realistyczne, dlatego zrezygnowano z użycia efektów specjalnych.