Zegary i sejsmometr umieszczono w budynku starego obserwatorium meteorologicznego.
Z biegiem lat coraz większe zanieczyszczenie świetlne spowodowane rozrastaniem się miasta oraz kolejne zmiany polityczne i administracyjne (powstanie South African Astronomical Observatory, które zjednoczyło wszystkie południowoafrykańskie obserwatoria w jedną instytucję) doprowadziły do zamknięcia obserwatorium w 1971 roku. W 1972 część instrumentów przeniesiono do Sutherland.
Współpraca z Leiden Observatory Union Observatory było mocno związane z holenderskim Leiden Observatory w Lejdzie. W 1923 obserwatoria te podpisały umowę o współpracy, dzięki której ich astronomowie mogli wzajemnie, bez ograniczeń korzystać z teleskopów obu obserwatoriów. Ponieważ warunki obserwacyjne w Transwalu były znacznie lepsze niż w Lejdzie, to głównie Holendrzy przyjeżdżali do Union Observatory. Do 1929 Leiden Observatory postanowiło wysłać do Union Observatory teleskop oraz stały personel. Jednak z powodu opóźnień teleskop ten zainstalowano dopiero w 1938 roku – był to podwójny Teleskop Rockefellera. Wzrastające zanieczyszczenie światłem sprawiło, że w 1954 wybudowano placówkę w miejscowości Hartbeespoort i przeniesiono tam część instrumentów z głównego obserwatorium w Johannesburgu.