Po bombardowaniu austriackim pozostała kula armatnia, wbudowana w lewym, dolnym rogu fasady.
Upadek Rzeczypospolitej Weneckiej w 1797 roku i wprowadzone ustawy napoleońskie spowodowały kasację zgromadzenia kanoników, ich kościół stał się własnością państwową, ale w 1806 roku został zwrócony Patriarchatowi. W latach 1868–1879 kościół był zamknięty ze względu na prowadzone prace konserwatorskie.
Klasztor Wraz z odbudową kościoła dokonano również radykalnej przebudowy klasztoru; rozebrano stare budynki i rozpoczęto wznoszenie dwóch krużganków o różnej wielkości oraz obszernego refektarza. Projekt większego z nich wykonano w latach 1524–1539, a zbudowano w latach 1540–1566; mniejszy zbudowano w II połowie XVI wieku. Sklepienie klasztornego refektarza pokryły stiuki oraz freski o treści biblijnej i nowotestamentowej. Upadek Rzeczypospolitej Weneckiej w 1797 roku i wprowadzone ustawy napoleońskie spowodowały kasację zgromadzenia kanoników. Ich majątek został włączony do majątku państwowego, a klasztor zamieniono na koszary. Dziś jest on własnością Telecomu, która ulokowała w nim biura swojej dyrekcji.