Część Mudżahedinów została stracona z wyroku Trybunału Rewolucyjnego już w latach 1981–1988M. Axworthy, Revolutionary..., s. 285.. Rząd mógł również podejrzewać, że więźniowie polityczni szykują ucieczkę z przepełnionych zakładów karnych lub nawet dążyć do jak najszybszego zwolnienia miejsc w więzieniach. Istnieje również pogląd, iż masowa egzekucja więźniów politycznych została zaplanowana przez Ruhollaha Chomejniego znacznie wcześniej i nie miała związku z ostatnimi wydarzeniami w Iranie, które potraktowano jedynie jako pretekst. Prawdziwym zaś celem byłoby ponowne obudzenie w elicie władzy rewolucyjnej bezwzględności i zintegrowanie jej poczuciem uczestnictwa w radykalnym akcieM. Axworthy, Revolutionary..., s. 288–289..
Egzekucje 28 lipca 1988 Ruhollah Chomejni wydał dekret, w którym nakazał uznać przebywających w więzieniach „hipokrytów” (tzn. Modżahedinów) za „toczących wojnę przeciwko Bogu” i zdrajców, po czym ukarać ich śmiercią. Egzekucje w więzieniach teherańskich mieli nadzorować najwyższy Sędzia Religijny, prokurator Teheranu i Ministerstwo Wywiadu, w więzieniach poza stolicą – lokalni sędziowie religijni i prokuratorzy. Chomejni wzywał rząd rewolucyjny do bezwzględności i zdecydowania „w obliczu wrogów Boga”. Stwierdził, że słabość i wahanie byłoby zdradą męczenników islamuM. Axworthy, Revolutionary..., s.