W 2018 spółka poinformowała, że przygotowania do inwestycji na Odolanach zostały zamknięte i wystąpiły do Zarządu Województwa Mazowieckiego o usunięcie eksponatów z terenu dworca Warszawa Główna Osobowa.
W związku z odbudową stacji Warszawa Główna Osobowa, w celu zwolnienia dwóch torów w czerwcu 2019 zakończono przetaczanie 40 zabytkowych pojazdów szynowych na równoległe tory znajdujące się bliżej budynku muzeum.
W 2025 instytucja za realizację programu edukacyjnego towarzyszącego wystawie Z powstańczej Warszawy..., w tym spacery, wykłady i koncerty poświęcone losom cywilów i żołnierzy walczącej stolicy, które przybliżają historię szerokiemu gronu odbiorców, otrzymała odznaczenie „Dumni z Powstańców”.
Oddział w Sochaczewie Muzeum Kolei Wąskotorowej w Sochaczewie, filia Stacji Muzeum w Warszawie, zlokalizowane jest na terenie dawnej stacji Sochaczewskiej Kolei Dojazdowej. Jego zbiory to 170 jednostek taboru wąskotorowego, a także kolekcje historycznych fotografii, mundurów kolejowych, latarek, modeli, dokumentów, biletów, pieczątek, przedmiotów dokumentujących codzienne życie kolei wąskotorowych w Polsce.