W 1952 r. został aresztowany pod zarzutem współpracy z organizacją Wolność i Niezawisłość, a w 1953 r. – skazany wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie na karę śmierci, z utratą praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na zawsze oraz na przepadek na rzecz Skarbu Państwa całości mienia. Wyrok ten został zmieniony postanowieniem Najwyższego Sądu Wojskowego poprzez złagodzenie kar jednostkowych do 15 lat więzienia, z utratą praw na okres 5 lat i przepadek mienia na rzecz Skarbu PaństwaB. Gubała..., s. 267.. Z powodów zdrowotnych zwolniony z więzienia. Po odzyskaniu wolności pracował w Urzędzie Morskim w Gdyni, a później na żaglowcu Dar Pomorza jako kierownik praktyk i wykładowca.
W 1960 r. uzyskał dyplom kapitana żeglugi wielkiej (przyznany z datą od 1944 r.).
W latach 60. zatrudniony w Polskich Liniach Oceanicznych jako kapitan. W 1966 r. wyjechał wraz z rodziną do Stanów Zjednoczonych, gdzie pracował w bankowości.
Prochy Bronisława Gubały zostały sprowadzone do Polski i spoczęły w dniu 24 lipca 1981 r. na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.