Ryszard Michalak uznał, że Paweł Bajeński (wraz z Krakiewiczem) po wyjściu na wolność realizował wytyczne władz odnośnie do połączenia ZKCh z ZKE. Zapis Michalaka został odczytany w ten sposób, że Krakiewicz i Bajeński byli tymi duchownymi ewangelikalnymi, którzy zdecydowali się na współpracę z UB. Dlatego Tomasz Terlikowski zarzucił Bajeńskiemu „daleko idącą współpracę zarówno z Urzędem ds. Wyznań, jak i z UB”. Na łamach kwartalnika „Słowo i Życie”, organu prasowego Kościoła Chrystusowego, odpowiedziano, że „artykuł p. Terlikowskiego jest tendencyjny i nieprzychylny”, i mija się z prawdą. Zarzut postawiony przez Terlikowskiego został następnie powtórzony przez Pawła Chojeckiego, zwierzchnika Kościoła Nowego Przymierza, na łamach pisma „Idź Pod Prąd”.
Wojciech Sławiński, który badał archiwa IPN, nie potwierdził tych zarzutów, stwierdził natomiast, że Paweł Bajeński był rozpracowywany przez bezpiekę ze względu na przynależność do Zjednoczonego Kościoła Chrystusowego. Mirosława Weremiejewicz odpowiedziała na zarzut Michalaka, że Bajeński jeszcze przed aresztowaniami miał doświadczenie współpracy z pokrewnymi wyznaniami, najpierw podczas okupacji niemieckiej, a następnie w powojennym PKEChB i dlatego zjednoczenie pokrewnych Kościołów nie było dla niego niczym nowym.