Muzeum Morskie W 1958 Przemysław Smolarek był inicjatorem powstania Towarzystwa Przyjaciół Muzeum Morskiego, wnioskował też o utworzenie muzeum morskiego w Gdańsku. W 1959 Muzeum Techniki Naczelnej Organizacji Technicznej w Warszawie powierzyło mu zadanie zorganizowania takiego muzeum.
W latach 1960–1961 był kierownikiem Oddziału Morskiego Muzeum Pomorskiego, pracując jednocześnie nad przygotowaniem nowej placówki. Muzeum Morskie w Gdańsku powołano 1 stycznia 1962, a Przemysław Smolarek został mianowany jego dyrektorem 15 stycznia tego roku. Na stanowisku tym pozostał do końca życia, rozbudowując Muzeum o nowe działy, rozwijając działania archeologii podmorskiej i prowadząc współpracę międzynarodową.
Zainicjował badania nautologiczne w Zatoce Gdańskiej, co doprowadziło do zlokalizowania około 30 wraków, część z nich okazała się cennymi stanowiskami archeologicznymi (Miedziowiec czy Solen). Pod jego kierownictwem i na skutek jego działań Muzeum Morskie w Gdański (przemianowane w 1972 na Centralne Muzeum Morskie) rozwijało się, tworząc nowe oddziały (Muzeum Latarnictwa w Rozewiu, Muzeum Wisły w Tczewie, Muzeum Rybołówstwa w Helu oraz statki-muzea Dar Pomorza i Sołdek).