19 stycznia 2019 w wygranym 9:0 meczu z Guingamp skompletował hat-tricka i zanotował asystę przy trafieniu Neymara. 12 lutego zanotował trafienie w pierwszym meczu 1/8 finałów Ligi Mistrzów z Manchesterem United (2:0). 2 marca, w wygranym 3:0 meczu 26. kolejki Ligue 1 przeciwko Nîmes Olympique, zanotował dwa trafienia, bijąc 62-letni rekord Rachida Mekloufiego, który 50. bramkę strzelił w 1957, mając 20 lat, 4 miesiące i 25 dni; Mbappé taki sam dorobek bramkowy osiągnął w wieku 20 lat, 2 miesięcy i 3 dni. W meczu rewanżowym Les Parisiens przegrali na swoim stadionie 3:1 i odpadli z rozgrywek, z powodu zasady przewagi bramek strzelonych w meczach wyjazdowych. 21 kwietnia skompletował hat-tricka przeciwko swojej byłej drużynie AS Monaco (3:1).
Sezon zakończył z dorobkiem 39 goli i 17 asyst uzyskanych w 43 spotkaniach, zdobywając mistrzostwo Francji. Zdobywając 33 bramki w lidze, został po raz pierwszy królem strzelców Ligue 1, a w rywalizacji od nagrodę Europejskiego Złotego Buta przegrał z Lionelem Messim, który strzelił 36 bramek. 20 maja został wybrany piłkarzem sezonu Ligue 1.